Rで大規模データの処理をするには、data.tableとdplyrが必須です。
下記のページは、その内容が簡潔にまとめられていて非常に参考になります。
大規模データの高速処理 ーdata.table、dplyrー
http://kohske.github.io/ESTRELA/201410/index.html
特に、他のサイトではあまり紹介されていないキーの設定の説明があるところ良いです。
setkey(dt, key)
d： データテーブル
key： キーとなるカラム名
これだけでデータ集計が高速に！
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